L'última fase d'excavació a la zona portuària d'Empúries, que ha coincidit amb el 79è Curs d'Arqueologia d'Empúries, ha permès confirmar que la zona sacra situada sota l'actual museu va perdurar fins al segle VII o VIII dC, transformant-se en una església paleocristiana. Segons els arqueòlegs, el temple grec de Demèter construït vora el segle VI aC, que es va descobrir durant una campanya del 2023, va tenir continuïtat fins a l'època romana, concretament al s. I dC, quan es va abandonar la ciutat grega d'Empòrion. I posteriorment, es va transformar en una església paleocristiana que va perdurar fins al segle VII o VIII dC. Pere Castanyer és arqueòleg del MAC Empúries.

Els últims treballs d'excavació han posat al descobert un absis de planta quadrangular i diverses cambres funeràries que corroboren aquesta transformació, ja que van estar en ús entre els segles IV i VII dC. Al voltant també s'ha trobat un cementiri amb diverses etapes d'ús. Molt probablement aquesta església construïda damunt de l'antic temple, va servir de referència també perquè al segle XVII s'hi edifiqués el convent servita de Santa Maria de Gràcia d'Empúries, que actualment acull la sala principal del museu del jaciment. Durant la campanya d'enguany també s'ha aprofundit en l'estudi de la configuració del temple grec, que s'organitzava en terrasses disposades de forma esglaonada.

En la terrassa intermèdia s'han recuperat vasos rituals i nombroses restes de fauna, testimonis de les pràctiques de culte. Destaca la presència de restes de porcs, xais i cabrits de curta edat. Els treballs s'emmarquen en el projecte de recerca quadriennal centrat a les antigues àrees portuàries d'Empúries, impulsat des del Museu d'Arqueologia de Catalunya i el Servei d'Arqueologia i Paleontologia, i són la continuïtat de les excavacions iniciades al 2018. Està previst que continuïn al setembre, quan baixi l'afluència de visitants, ja que la zona del temple es troba enmig del recorregut del jaciment.