Durant 5 setmanes els arqueòlegs del Jaciment d'Empúries han excavat al sector de Santa Margarita dins el projecte de recerca de les antigues àrees portuàries d'Empúries.És un espai on s'han detectat diverses capes i usos en un llarg període de temps, d'aquí que un dels objectius sigui delimitar i conèixer l'evolució de les edificacions situades a l'entorn.A la banda nord de la capella de Santa Margarida hi havia un petit pati o espai obert, perfectament definit a l’oest per diverses estances cobertes i, al nord, per una gran sala o església edificada damunt de l’antiga basílica paleocristiana.Sobre tot plegat s'hi ha trobat un extens cementiri posterior al baptisteri i a la basílica, que es va desgranant buscant les capes més antigues.S'ha fet una doble actuació.De l’excavació dels diferents estrats d’enderroc d’aquestes estructures, en destaca la troballa d’un capitell decorat amb unes volutes als angles i una tomba excavada directament al baptisteri, que va ser reutilitzada com a mínim sis vegades, un fet inusual per l'època.
Al 2015 es van fer prospeccions de tota la zona amb georadar, detectant un gran nucli de població sorgit després de l’abandonament de la ciutat romana d’Empúries, del que forma part la zona que s'està excavant.
Per entendre la relació d'aquest espai amb la zona portuària d'Empúries cal entendre que el mar s'ha desplaçat.El projecte està impulsat des del Museu d’Arqueologia de Catalunya i el Servei d’Arqueologia i Paleontologia del Departament de Cultura amb el suport de l'ajuntament de l'Escala.